1. 2002年，《细胞研究》和《中国药理学报》荣获国家科技部中国科学技术信息研究所“2002年度（第二届）国家百种杰出学术期刊”称号。
2. 2002年，《细胞研究》、《生物物理与生物化学学报》、《中国药理学报》、《生理学报》、《植物生理与分子生物学学报》、《生命科学》荣获国家新闻出版总署“中国期刊方阵”称号。
3. 2002年，《细胞研究》、《生物化学与生物物理学报》和《中国药理学报》获国家自然科学基金委员会“2002年度重点学术期刊专项基金”。
4. 2002年，《细胞研究》、《生物化学与生物物理学报》、《中国药理学报》、《亚洲男科学杂志》和《植物生理与分子生物学学报》获中国科学院“2002年度（第四届）出版基金择优资助期刊”。
5. 2002年，《中国药理学报》和《植物生理学通讯》获中国科学技术协会“择优支持专项资助期刊”。
6. 2003年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2003年度服务表彰”。
7. 2003年，《生理学报》荣获国家新闻出版总署“第二届国家期刊奖”，《细胞研究》荣获“第二届国家期刊奖百种重点期刊奖”，《生物化学与生物物理学报》荣获“第二届国家期刊奖提名奖”。
8. 2004年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2004年度服务表彰”。
9. 2005年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2005年度服务表彰”。
10. 2005年，《生理学报》荣获国家新闻出版总署“第三届国家期刊奖百种重点期刊奖”。
11. 2005年，《细胞研究》、《中国药理学报》和《生理学报》荣获国家科技部中国科学技术信息研究所“2005年度国家百种杰出学术期刊”称号。
12. 2005年，信息中心荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2005年度对外服务先进集体”称号。
13. 2005年，缪有刚为主要人员参与的“钩端螺旋体全基因组测序和部分功能的研究”项目荣获上海市科学技术委员会“2005年度上海市科学技术进步奖二等奖”。
14. 2005年，《中国药理学报》、《亚洲男科学杂志》荣获上海市期刊协会“期刊装帧三等奖”，《细胞研究》、《植物生理学通讯》、《植物生理与分子生物学学报》、《生理学报》、《细胞生物学杂志》评为良好。
15. 2006年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2006年度服务表彰”。
16. 2006年，信息中心荣获上海市科委上海研发公共服务平台“2006年度对外服务先进集体”称号。
17. 2006年，信息中心第一党支部荣获上海市科教党委系统“先进基层党组织”称号。

个人荣誉

1. 2003年，张爱兰荣获上海市新闻出版局、上海市期刊协会共同颁发的“第一届上海市期刊优秀工作者奖”，
2. 2003年，周兆康荣获上海市新闻出版局、上海市期刊协会共同颁发的“上海市学术类期刊优秀工作者奖”。
3. 2004年，张爱兰荣获上海市新闻出版局、上海市出版工作者协会共同颁发的“第三届上海市出版人奖银奖”。
4. 2005年，乔亮荣获中国科学院“ARP项目所级系统优秀核心实施团队成员”称号。
5. 2005年，张爱兰荣获中国科学院“第五届全国百佳出版工作者”称号
6. 2005年，周成效荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2005年度对外服务先进个人”称号。
7. 2006年，于建荣、缪有刚荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2006年度对外服务先进个人（管理类）”
8. 2006年，沈东婧荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2006年度对外服务先进个人（服务类）”

年度标兵员工、先进个人、先进集体、表扬个人

1. 2006年度

   标兵员工：江洪波、程磊、孙骐明
   先进个人：孙继林、季美云、周成效、刘剑、卢建平、柏忠江、刘谦、张健
   先进集体：咨询研究部、生化学报编辑部、网络管理部、综合办公室
   表扬个人：管兴华、杨瑾、冯晶

2. 2007年度

   标兵员工：沈东婧、侯向宇、谢蔚丽
   先进个人：陈成材、洪宪华、袁渊、熊燕、郑福军、程磊、胡伶莉、郁萌萌、黄咏华
   先进集体：信息服务部、细胞研究编辑部、植生学报编辑部、网络管理部、
   档案工作部、综合办公室
   表扬个人：李红、苏琴、徐萍、刘天婵

3. 2008年度

   标兵员工：陈大明、郑福军、冯晶
   先进个人：钟卫平、王琨、韩文雄、程磊、李洁、姜春华、徐基勍、张建清
   先进集体：科技查新咨询中心、细胞生物学编辑室
   表扬个人：黄菲、周叔均、江晓波、岳东方、叶维萍、桂荣