1. 2002年，《细胞研究》和《中国药理学报》荣获国家科技部中国科学技术信息研究所“2002年度（第二届）国家百种杰出学术期刊”称号。
2. 2002年，《细胞研究》、《生物物理与生物化学学报》、《中国药理学报》、《生理学报》、《植物生理与分子生物学学报》、《生命科学》荣获国家新闻出版总署“中国期刊方阵”称号。
3. 2002年，《细胞研究》、《生物化学与生物物理学报》和《中国药理学报》获国家自然科学基金委员会“2002年度重点学术期刊专项基金”。
4. 2002年，《细胞研究》、《生物化学与生物物理学报》、《中国药理学报》、《亚洲男科学杂志》和《植物生理与分子生物学学报》获中国科学院“2002年度（第四届）出版基金择优资助期刊”。
5. 2002年，《中国药理学报》和《植物生理学通讯》获中国科学技术协会“择优支持专项资助期刊”。
6. 2003年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2003年度服务表彰”。
7. 2003年，《生理学报》荣获国家新闻出版总署“第二届国家期刊奖”，《细胞研究》荣获“第二届国家期刊奖百种重点期刊奖”，《生物化学与生物物理学报》荣获“第二届国家期刊奖提名奖”。
8. 2004年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2004年度服务表彰”。
9. 2005年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2005年度服务表彰”。
10. 2005年，《生理学报》荣获国家新闻出版总署“第三届国家期刊奖百种重点期刊奖”。
11. 2005年，《细胞研究》、《中国药理学报》和《生理学报》荣获国家科技部中国科学技术信息研究所“2005年度国家百种杰出学术期刊”称号。
12. 2005年，信息中心荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2005年度对外服务先进集体”称号。
13. 2005年，缪有刚为主要人员参与的“钩端螺旋体全基因组测序和部分功能的研究”项目荣获上海市科学技术委员会“2005年度上海市科学技术进步奖二等奖”。
14. 2005年，《中国药理学报》、《亚洲男科学杂志》荣获上海市期刊协会“期刊装帧三等奖”，《细胞研究》、《植物生理学通讯》、《植物生理与分子生物学学报》、《生理学报》、《细胞生物学杂志》评为良好。
15. 2006年，信息中心荣获中国科学院国家科学图书馆“中国科学院文献传递与馆际互借系统2006年度服务表彰”。
16. 2006年，信息中心荣获上海市科委上海研发公共服务平台“2006年度对外服务先进集体”称号。
17. 2006年，信息中心第一党支部荣获上海市科教党委系统“先进基层党组织”称号。
18. 2007年，信息中心“文献传递服务与馆际互借服务”工作获中国科学院国家科学图书馆2007年度特别表彰
19. 2007年，《植物生理与分子生物学学报》获的中国科学技术信息研究所“2007年中国百种杰出学术期刊”称号
20. 2008年，信息中心“文献传递服务与馆际互借服务”工作获中国科学院国家科学图书馆2008年度特别表彰
21. 2008年，《细胞研究》（英文版）、被中国科学技术信息研究所评选为“2008年度中国国际化精品科技期刊”
22. 2008年，《植物生理与分子生物学学报》和《生理学报》被中国科学技术信息研究所评选为“2008年度中国精品科技期刊”
23. 2009年，信息中心荣获“2009年度上海市图书馆学优秀学术活动组织奖”
24. 2009年，信息中心荣获“2009年度上海市科学技术情报学会先进集体”
25. 2009年，信息中心荣获上海市古籍保护中心颁发的“2009年度上海市古籍保护优秀组织奖”
26. 2009年，《细胞研究》、《生理学报》被中国期刊协会评为“新中国60年有影响力的期刊”
2009年，《细胞研究》在上海市新闻出版局公布的“2009年上海市期刊编校质量检查结果”中编校质量名列科技期刊类评比的第一，《生理学报》、《细胞生物学杂志》为优秀，《植物生理学通讯》、《分子植物》为良好
27. 2009年，《细胞研究》、《生理学报》、《细胞生物学杂志》《植物生理学通讯》、《生物化学与生物物理学报》五种期刊被评为“第四届华东地区优秀科技期刊”
28. 2009年，信息中心获“中国科技网2009年度优秀单位用户”称号
29. 2010年，《细胞研究》荣获“第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖”

个人荣誉

1. 2003年，张爱兰荣获上海市新闻出版局、上海市期刊协会共同颁发的“第一届上海市期刊优秀工作者奖”，
2. 2003年，周兆康荣获上海市新闻出版局、上海市期刊协会共同颁发的“上海市学术类期刊优秀工作者奖”。
3. 2004年，张爱兰荣获上海市新闻出版局、上海市出版工作者协会共同颁发的“第三届上海市出版人奖银奖”。
4. 2005年，乔亮荣获中国科学院“ARP项目所级系统优秀核心实施团队成员”称号。
5. 2005年，张爱兰荣获中国科学院“第五届全国百佳出版工作者”称号
6. 2005年，周成效荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2005年度对外服务先进个人”称号。
7. 2006年，于建荣、缪有刚荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2006年度对外服务先进个人（管理类）”
8. 2006年，沈东婧荣获上海市科学技术委员会上海研发公共服务平台“2006年度对外服务先进个人（服务类）”
9. 2006年，徐基勍同志获“中国科学院2006年度信息宣传先进个人”称号
10. 2009年，于建荣、江洪波、安勇同志荣获“上海市科学技术情报学会2009年先进工作者”称号
11. 2009年，魏彬同志被中国期刊协会评为“新中国60年有影响力的期刊人”
12. 2009年，缪有刚同志荣获“中国科技网2009年度先进工作者”称号
13. 2009年，乔亮同志荣获“2009年度ARP系统明星用户”一等奖
14. 2009年，徐基勍同志获“中国科学院2009年度信息宣传先进个人”称号
15. 2010年，李党生、周兆康同志荣获由华东七省/市新闻出版局联合举行的“首届华东地区期刊优秀工作者”称号
16. 2010年，程磊同志荣获上海科技期刊学会青年编辑工作委员会“上海市科技期刊学会第五届青年编辑一等奖”
17. 2010年，张永娟同志荣获“2010年上海国际青少年科技博览会优秀志愿者”称号

年度标兵员工、先进个人、先进集体、表扬个人

1. 2006年度

   标兵员工：江洪波、程磊、孙骐明
   先进个人：孙继林、季美云、周成效、刘剑、卢建平、柏忠江、刘谦、张健
   先进集体：咨询研究部、生化学报编辑部、网络管理部、综合办公室
   表扬个人：管兴华、杨瑾、冯晶

2. 2007年度

   标兵员工：沈东婧、侯向宇、谢蔚丽
   先进个人：陈成材、洪宪华、袁渊、熊燕、郑福军、程磊、胡伶莉、郁萌萌、黄咏华
   先进集体：信息服务部、细胞研究编辑部、植生学报编辑部、网络管理部、
   档案工作部、综合办公室
   表扬个人：李红、苏琴、徐萍、刘天婵

3. 2008年度

   标兵员工：陈大明、郑福军、冯晶
   先进个人：钟卫平、王琨、韩文雄、程磊、李洁、姜春华、徐基勍、张建清
   先进集体：科技查新咨询中心、细胞生物学编辑室
   表扬个人：黄菲、周叔均、江晓波、岳东方、叶维萍、桂荣

4. 2009年度
   标兵员工：王小理、管兴华、蔡歆海
   先进个人：许咏丽、陈恒、泮淑梅、陆一、周兆康、程磊、朱锋荣、刘彦、黄咏华、魏彬
   先进集体：咨询研究部、期刊市场部、学会工作部
   表扬个人：沈金凤、薛白、刘方、倪珏华、张健

5. 2010年度
   标兵员工：倪珏华、熊燕、胡芳芳
   先进个人：季美云、孙建春、徐萍、张爱平、郑福军、徐晶、韩雪、张建清、张健
   先进集体：查新咨询中心、细胞研究编辑部、网络管理部、档案工作部
   表扬个人：褚黎群、王小理、陈大明、陈恒、姜旭、李殷、李卫红、车玲玲、杜健